E' probabile che il progettista del presbiterio non fosse Giovanni Antonio Amadeo ma uno dei suoi collaboratori, come fanno supporre alcune differenze di impostazione rispetto al progetto del vano principale, come la quasi totale assenza di rivestimento policromo all'esterno. Ad Amadeo fu inizialmente commissionata la pala d'altare marmorea, che fu invece realizzata dalla bottega veneziana dei Lombardo. Oggi, di questo antico altare, restano solo le tre statue dei Santi Patroni della Cappella, collocate all'interno della seicentesca ancona di Giovanni Battista Bianchi. Le due lunette sulle pareti laterali in alto, raffiguranti scene con San Marco e San Bartolomeo, patroni della Cappella insieme a San Giovanni Battista, furono affidate al Tiepolo nell'agosto del 1732 ed eseguite subito dopo le quattro Virtù nei pennacchi della volta. La qualità non eccelsa degli affreschi chiamerebbe in causa probabili interventi di aiuto, magari da parte di quel Giovanni Raggi che Tiepolo aveva conosciuto nella bottega di Fra' Galgario. Il rinnovamento di decori e arredi proseguì nel 1771 con la commissione dei due banchi lignei per la concelebrazione a Giacomo Caniana e Giovanni Antonio Sanz. Nel presbiterio fu sistemato anche il dipinto di Angelica Kauffmann, qui spostato per permettere alla metà del XIX secolo la collocazione del monumento funebre a Medea Colleoni. A sinistra dell'arco trionfale si trova la porta che conduce alla sagrestia.
Arco trionfale
San Giovanni Battista, San Bartolomeo e San Marco
Ancona in marmo
Altare con angeli reggimensa
Martirio di San Bartolomeo
San Marco Evangelista
Banco dei celebranti a sinistra del presbiterio
Banco dei celebranti a destra del presbiterio
Sacra Famiglia con San Giovannino
Matatia uccide l'apostata
Davide trionfante su Golia